先核对哪几套数据
高企申报通常同时使用研究开发费用专项审计或鉴证报告、高新技术产品（服务）收入专项报告、近三个会计年度财务会计报告以及企业所得税年度纳税申报表。上海市2026年高企通知明确要求企业比对申报财务数据与税务汇算清缴数据，存在不一致时上传《财务数据比对差异说明》。
- 营业收入、主营业务收入与总收入口径
- 研发费用总额、境内研发费用及各年度分项金额
- 高新技术产品（服务）收入和主要产品（服务）收入
- 职工薪酬、折旧摊销及其他可能影响研发费用的财务项目
差异不等于可以直接改成一致
出现差异后不能为了申报而直接修改某一套数字。企业应回到原始凭证、会计账簿、纳税申报调整过程和专项报告底稿，确认差异来自会计处理、税会差异、申报口径调整、前期差错更正还是统计期间不同，并由相应责任人员核实。
差异说明应写清楚什么
- 列明存在差异的报表、年度、科目和金额
- 说明各套数据采用的依据、统计期间和计算公式
- 逐项解释差异形成原因，不使用笼统的口径不同代替事实说明
- 附上能够支持差异的凭证、账页、申报表、调整表或底稿索引
- 由财务、税务、研发归集和专项报告相关人员交叉复核
提交前的勾稽检查
- 研发项目清单与研发费用明细项目一致
- 研发费用专项报告与辅助账、财务账能够追溯
- 高新收入明细与合同、发票、收入科目及核心技术对应
- 纳税申报表的更正或调整已经留存正式记录
- 申请书引用的所有比例均使用同一组已经确认的基础数据